Vista Enhancer Logo
Enhancer Browser banner
Vista Logo

Mouse element [ mm2044 ]


Position: chr13:14,973,023-14,978,262 (UCSC browser)
Source: Lawrence Berkeley National Laboratory

Flanking genes: AW209491 - Gli3

Timepoints:
e11.5

This sequence did not show observable enhancer activities at E11.5
We define a negative enhancer at this developmental stage when at least 3 transgenics were obtained and yet no reproducible pattern of expression was observed. This does not mean that this sequence is not an enhancer at another time point or a weak enhancer at this time point but below the detectable range at our level of resolution.


Fasta sequence
CCCTGAATTAGGAAGGAGGTttctcactgagttgagaagggaattactcaacaaaatgag
aaggagatctatgattgacattgaaatcattgaagtgtgaaggacatcaatcattgaatt
gggaagatttctggctgaattcagatgtaattattgattttattgaggatatcattgttt
tagttttcttttttccttttcttatattggattttaataaaaatgttattacatatatta
ctcatttacatttccgatgctatcccaaaaggcccccataccctccctctactcccctac
ccacccactcccacatcttggccctggcgttcccctgtactgaggcataaaagtttgcaa
gaccaaggggcctcctttccactgatggccggctaggccatcttctgatacatatgcagc
tagagacacgagctccaaggggtactggttagttcatactgttgttccacctatagggtt
gcagatccctttagcttcttggatactttctctagctcctctaataggggccctgtgatc
cattcaatagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgctaggccacagcatagtctca
caagagacagctatatcagggtcctttcagcaaaatcttgctagtgtatgcaatggtgtc
tgcgattggtggctaattatgggatggatccccggatatggtagtctctagatggtccat
ccttttgtctcagctccaaactttgtctctgtaactccttccatgggtgttttgttccca
attctaagaaggggcaaagtgtgcactccttggtcttcattcttgagtttcatctgcttt
gtatcttgtatcttgagtattctaagtttctgggctaatatccaattatcagtgagtaca
catcatgtgagttcttttgtgattgggttgcctcactcaggacaataccctccagctcca
tccatttgcctaggaatttcataaattcattctttttaatagctgagtagtactccattg
tgtaaatgtaccacattttctgtatccattcctctgttgagggacatctgggttctttcc
agcttctaactcttataaataaggctgctatgaacatagtggagcatgttttcttattac
cagttggaacatcttctggatatatgcccaggagaggtattgctcaattctctggtagta
ctatgtccaattttctgaggaaccgccagactgatttccagagtggttgtaccagcttgc
aatcccaccaacaatggaggagtgttcctctttctccacatccttgccagcatctgctgt
cacctgaattttttatcttagccattctgtctggtgtgaggtagaatctcagggttgttt
tgatttgcatttccctgatgattaaagatgttgaacatttttcaggtacttctcagccat
ttgatgtttcccatttgagaattctttgtttagctctgtgcctcattttttaatggggtt
attgattttctggagtccatcttcttgagttctttatatatattggatattagttcccta
tctgatttaggattggaaaacatcctttcccaatctgttggtggcctttttttcttaatg
acagtgaagaattgagttggcattttgatggagattgcattgaatctgtagattgctttt
gccttacagaagctttgcaattttatgaggttccatttgtcaattcttgatcttacaaca
caagacagtgaggttttattctggaatttttcccctgtgcccatatcattgagttttttc
cccactttctcctttatacgtttcagtatctctggttttatgtggagttccttgatccac
ttagacttgaccttagtacaaggaataagaatggatcaatttgcattcttctacatgata
atcggcagttgtgccagcaccatttgttgaaaatgctgtctttttttagctcccttgtca
aaatgaccataagtgtgtttgttcatttctagaattcaattctattccattggtctactt
gtctgtccctgtatcagtaccatgcagtttttgttgtgtttttttttgtttttgtttttg
ttttttttaatcacaattgctctgtagtacagctttaggtcaggcatggtgattccatca
gaggttcttttatccttgagaagagtttttgctatcctaggtttttttgtaattccagat
gaatttgcagattgctctttctaattcgttgaagaattgaattggaattttgatggggat
tgcattgaatctgtagattgcttttggcaagatagccatttttacaatgttgatcctgcc
aatccatgagcatgggagatctttccatcttctgagatcttctttaatttctttcttcag
agacttgaagtttttatcatacaaatctttcacttccttagttagagtcatgccaagata
ttttatgttatttgtgactattgagaagggtgttgtttccctaatttctttctcagcctg
tttatcctttgtgtacagaaaggccattgacttgtttgagttaattttatatccagccac
ttcaccgaagctgtttatcaggtttaggagttctctggtggaatttttagggtcacttat
atatactatcatatcatcttcaaaaagtgatattttgacttcttcttttccaatttgtat
ccccttgatctccttttgttgtcgaattgctctggctaggacttcaagtagggagaaagt
gggcagccttgtctagcccctgcttttagtgggattgcttccagcttctcaccatttact
ttgatgttggctactggtttgctgtagattgcttttatcatggttaggtatgggccttga
attcctgatctttccaagacttttatcatgaatgggtgttggatcttgtcgagttctttt
tccgtatctaacgagatgatcatgtggtttttgtctttgagtttgtttatataatggatt
acattgatggattttcgtatattaaaccatccctgcatccctggaataaaacgtacttgg
tcaggatggatgattgctttaatgtgttcttggattcggttagcaagaattttattgagt
atttttgcatcgatattcataaggaaaattggtctgaagttctctatctttgttggatct
ttctgtggtttaggtatcagagtaattgtggcttcatagaatgagttgggtagagttccc
tctacttctattttgtggaatagttcgtgcagaactggaattagatcttcgttgaaggtc
tggtagaactctgcactaaacccatctggtcctgggctttttttgggtgggagactatta
atgactgcttctatttctttaggggatgtgggactgtttagatcattaacttgatcctga
tttaactttggtacctgctatctgtctagaaatttgtccatttcgtccaggttttccagt
tttgttgagtatagccttttgtagaaggatctgatggtgttttggatttcttcatgatct
gttgttatgtctcccttttcatttctgattttgttaattaggattttgtccctgtgccct
ctagtgagtctagctaagggtttatctatcttgtggattttctcaaagaaccaactcctc
gtttggttaattctttgaatagttcttcttgtttccacttggttgatttcacccctgagt
ttgattatttcctgccctctactcctcttgggtgaatttgcttccttttgttctagagct
tttagatgtgttgtcaagctgctagtgtgtgctctctccagtttcttcttggaggcactc
agagctatgagtttccctcttagaaatgctttcattgtgtcccataggtttgggtatgtt
gtggcttcattttcattaacgtctaaaaagtctttaatttctttctttattccttccttg
accaaggtatcattgagaagagtgttgttcagtttccacatgaatgttggctttccatta
tttatgttgttattgaagatcagccttaggccatggtggtctgataggatgcatgggaca
atttcaatatttttgtatctgttgaggcctgttttgtgaccaattatatggtcaattttg
gagaaggtcccgtgaggtgctgagaagacggtatatccttttgttttaggataaaatgtt
ctgtagatatctgtcagatccatttgtttcataacttctgttagtttcagtgtgtccctg
tttagtttctgtttccacgatctgtccattgatgaaagtggtatgttgaagtcttccatt
cttattgtgtgaggtgcaatgtgtgctttgagctttactaaagtttctttaatgaatgtg
cctgcccttgcatttggagcatagatattcagaattgagagttcctcttggaggatttta
cctttgatgagtatgaagtgtcccttcttgtcttttttgataactttgggttggaagtca
attttatccgatattagaatggctactccagcttgtttcttcagaccatttgcttggaaa
attgttttccaacctttcactctgaggtagtgtctgtctttttccctgagatgggtttcc
tgtaagcagcaggatgttgtctcctgcttgtgtaaccagtctgttagtatatgtcttttt
attggggaattgagtccattgatattaagagatattaaggaaaagtaatcgttgcttcct
tttatttttgttgttagagttggcattctgttcttgtggctgtcttctttttggtttgtt
gagggattactttcttgcttgttctagggcatgatttctgtccttgtattggttttttct
gttattatcctttgaagggctggatttgttgaaagataatgtgtgaatttgattttgtca
tggaatattttggtttctccatctatggtaacttagagtttggccaggtatagtagactg
ggctggcatttgtgttctcttagtgtctttataacatctgtccaggctcttctggctttc
atagtctctggtgaaaagtctggtgtaattctgataggccttcctttatatgttacttga
cctttctcccttactgcttttaatattctctctttatttagtgcatttgttgttctgatt
attatgtgtcaggaggaatttcttttctggtccagtctatttggagttctataggctcgt
TGTATGTTCATGGGCATGTC
Primer
(+)CCCTGAATTAGGAAGGAGGT
(+)GACATGCCCATGAACATACA


For commercial licensing of the VISTA Enhancer Browser and its associated data please contact Virginia de la Puente (vtdelapuente@lbl.gov) at the Berkeley Lab's Innovation and Partnerships Office.