Vista Enhancer Logo
Enhancer Browser banner
Vista Logo

Mouse element [ mm2026 ]


Position: chr13:15,774,557-15,780,443 (UCSC browser)
Source: Lawrence Berkeley National Laboratory

Flanking genes: Gli3(intragenic)

Timepoints:
e11.5

This sequence did not show observable enhancer activities at E11.5
We define a negative enhancer at this developmental stage when at least 3 transgenics were obtained and yet no reproducible pattern of expression was observed. This does not mean that this sequence is not an enhancer at another time point or a weak enhancer at this time point but below the detectable range at our level of resolution.


Fasta sequence
GTGTTGTAAAGATCCCGATGgtgctgatgtcagttcagtgtcaccaggctgtggctgttt
acattccttagatgcctgctgtcttcttaactttactgttttgttttctattttgctttg
tactttctctcatttgtttaagtatatgagaagcctttttattgtccccaaaatgttttt
aaattagttattaattctattatgtataaattttaattggtgtgattaaaaaagtttttt
aaaatgtatttaattttttattctttaatcctttctactgtccaatgttcatccccctac
tgatctcccccctatcctcgaccactccctgtcccataactcctccccccatctccaaga
agaatgtctcaacacccccaccttctccccaccagacctccccactccctgtggcctcaa
gtctctctcaagggttaggtgcatcttctctcactgaggccagaccaggcagtcctctgc
tgtataaatgtgtcaggggtctcatatcagctatgtcagtatgttgccttgttggtggct
cagggtctgagagatctaggggggtccaggtcagttgagactgctggtcttcccatgggg
ctaccctcctcctcagcttctttcagctttttcccaattcaaccacagggatccctgact
tctatctatttgttggttgctagtatctataacatctgactttttcagctgcttgttggg
cctctcagagggccgccatgctaggctcctgtctgcaagcacaccacagcatcagtagta
gtgtcaggaccctgggcctccccttgagctggatcctaatttgggcctgtcactagacct
cctttctctcatgctcttctctatttttgccatttttctcatgcatttctccatttcctg
ccattccttcagacaggaaaaattctgggccagagcttttgactgtgctatggcaacccc
atccctccacttgatatcctgtccctccactggaggtggactctacaagttccctctccc
cactgtaaagcactttgtccaagcttcccactgtagagtacttcatcaaagctccctccc
tttgagtcctgagagtctcccacctcccaggtctccagtgcattctaaagcgtcctccca
cttcctgccttgggaggttgcctgtttccattctttctgctggccttcagggcttcagtc
ctgtttctgctcccctaatacctgatcatgttcccccacttcccctccctttccccttct
cccacctaggtctctccctctctctgccccctgtgactgctttcttctccctcccaaatg
ggactgaggcatcttcacttgggtcctttagcttatttaccttcttgagttctggggatt
gtatcctgggtattctgtacttttttggctaatatccacttattactgagaacataccat
ttcatgtccttttgggtatgaattacctcactcaggatgatattttctagttccatacat
ttgccggcaaaactcaggatgtcctcattcttaatagctgagtagtattccattgtataa
atgaaccacattttctgtatccgttcttctgttttgggacatctgggttgtttccagctt
ctggctatcacaaataaggccactacgaacatagtggaacatgtgcccctgtgacatggt
ggggcatcttttgggtatatgcccaagagtggtgtagctggtcttcaggtagatctattt
ccaaatttccaaggaacgtccagatctatttccagagcagttttaccagtttgcaatccc
accagcaagggagaaattttcttccgctggaccttttccttctttacagtattatattaa
cattagttatatatgtatacatatatatttacatgtatccatgtatacacacacgtagcc
tgctgagtccctagagtgttgctcatgggtatgtttttgggctaaccacttggtatgaga
ttgccagttagagagcttattcatagagaaactctccctctctcagcagtcagtaacttc
ctgtagttcttcatgtaggggtggggtccatgaagcttccccatccacatgtgcataacc
actgatgctgtcagcattctcttcttgtttaggcagctgtactgctgagagagttcatag
atacgtctttccttgtaccatgaaagacaatcacatagcagagatactggtccactatgt
cctcagtatcttcagagagttaaaccttttattgtatatcttttgtctccttccttaagt
ttatttctagtcatttgtttttctctgacgatattgtgaattggagtgatcccatgatat
ctttctcatcatgcttgttgatgatgcttagaagggctactgattcttgtttgagttgag
tttgtattctgatcctttgatcaaattgctgatcatttctagaagttccctggcagaatt
tttgggatcttttatgcataatatcatatgactagcaaataagaatgatgtgacttcttt
tcctatttttatccctttaatatccttttcttgtcttaattgctagaggtggttgaaaaa
gaatgaggatgatgattggcctggtctcagtcctgatttacttcagatttttcaccattt
aggataatgttgacagtgggcttgtcatatatactctgttattctgaggtgtattccctc
tagtcctgctttctcttaagacatcacctttgatttttgctaaaatgttttctacatctg
ttgaggtaactgtttgatttttgccattaagtccacctatatgattcattacatttattg
atttatgtatgttgtaccatcatccatccctctatctactggataaagccaacttgacca
tagtggatggtctttttaaaaatggtatgcctatattctctacaagtattttttttttta
gttttttctcttttaagatttattatttttatatatgtgagtgcattgtcactgtcttca
gacataccagaagagagcatcacataccattacaggtgattgtgagcaaccatgtggttt
ttggttcctctggaagagcagtcagtgctcttaactgctgagccatctctccagcttctg
tgcaagtattattaaatttatcttcatcagtgatactgatctgtggtagttggttttttg
ttgtgatttttaagaccaagtctctctagatagccctggctttcctggaatttactatat
agaccagggtgtcctggaacttagagagatctaagtatctctgcctcctcagagctggga
ttaaagacgtgttaccaggtccacattgcagaattttttcgctttgaattttgaaagtgt
tccttctatttctttcttcttaaaaaataatttaaaaagtatggttgtaaatctttttta
agtagtagaattttgttatgactctctctaagattttttttatttgttttgttttgtctt
agaagacagtgtttcaatttccttatttgttatgggtctgtttaggttgctgaccttttc
tgggtttaactttgaggattaggatgcatctagaaccatacatttcctttaggttgttct
gactggaatgtaggtgtttaaaggatccccttatcatattctgtagttctttaattcctg
ttgtagtgttccctaattcgtctgatccagttatttgggtctttcttttaattaatagag
ccaaaggtctgtcccagagcacaggttgtttaggccaggataggtctggaaattggatag
atgcagatgaggaaaggtctatacaggtgtacttagctggcgggattggcacagacgttt
cttcctggggccgagcctgccgtttgggaattgtgcatgcaagacttatcagactgggct
ggaacacaggatgaccaggcagaaatggcctggaagttggatatagtgcagcccagataa
ggtcagccagatgccaggggctgggatgacacaaaggatgtggtccaattcctttttaaa
taattaggtgcacttaaagatactcatataaaacttatttcatttcagacccatagagac
atttctttgatatttcaagatagcccagagttgaaatttatagttcttagggtttattta
gtagggaagcctccccccctttcatataagtatttctttaaccttgctttcacataggcc
ttgttctaagctctggaggtatatcactgagcaaagcagccaagagccatgtccttgtaa
aggtgctctccagtaaaggtgcagggtgccatgctgagagcatccagttaacacagggtt
tggtaccataaactatatgctcgactctggcctgtgggcatggatccattcagctaatct
actcagtagctctcacccagagtttaagtaccttgatctagtttcattgccaataagtaa
gggagccaattggcttctcaataaccatgtcaacaaggacacttgccttgttacagccca
agacgtggcaatgctgtagttaatgttgcaaagtttgtgtctgttttatggcttcatctt
ttccctagggatttaaatattttattgaagttttatgttgtgattgtgtgtatgtgtgat
gtatgtattcacttctctgaatcttctgtagaagaggcagagtagagtaccagcataaaa
cattgtggtatctatccactgaccttcttataactgttcatgttcccgctgtccatgctg
actctttcatctgtgccttctgtcataaattgagccacatatggcgaatctcatgtcctt
gcgctccttgtagtcatccttttttcagtggccgttaatgtatttgggttttctttgcct
tgttaaatattaccttgttcaaacagtcatatttctatcaagaggaaataagtataattt
gttcctccactggagtccttttactctaaattgtagtgtttagcacctcccatttattct
cattaaagtgccaacctgtttgttattgtaacagtctctctcattttgttttctactgaa
aagaaattcccaagatttagagttgtttgctgtcaggaaggctggcctggcctgaccagg
tttgagtcattttcttatgaatgaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttacca
gtttttctcatttgtgcatgttggctactaaaaatataaaataaaataaaataaaataaa
ataaaataaaataaaatgcacaaacagagaaatactctttttattcttaacaaaatttag
ttttaccctagaaattcatttgcttcttgttttgtgtttttggatgggggcgattttaag
ttctgtctatttattacttttgttatgtaatcgcttctctgaagtatttctattttgtag
ccaataggaaaaactacattaagaataacctgagtcaatattgttgagaaatgtttattt
ctttatgaagcgaactttttccaagtgttttcttctgggcacagttctgcacagttgctg
ctggaggccagctggggaggaacgctagctaggttgaggcaagcacttgctgcaggagtg
catgcagcgctctctgggctggggctcctctgagtgagtgtggtgagccctgccctgtta
cccacagaatcctatttttattattatgtggtaatattatctgaacttgtttgaaaggaa
ccattttctttttattattattattatggttctattccccctctcctggaaattgttggg
tgtttttttttttttcttttgttttcctcctcctttcatgatttctgtgccagtctttat
cactttgacagaatgcctgaggaagaaggatttctttggctccttgaTAAAAGGTTTCAC
TGCCGAG
Primer
(+)GTGTTGTAAAGATCCCGATG
(+)CTCGGCAGTGAAACCTTTTA


For commercial licensing of the VISTA Enhancer Browser and its associated data please contact Virginia de la Puente (vtdelapuente@lbl.gov) at the Berkeley Lab's Innovation and Partnerships Office.