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Mouse element [ mm2019 ]


Position: chr13:15,631,047-15,637,701 (UCSC browser)
Source: Lawrence Berkeley National Laboratory

Flanking genes: Gli3(intragenic)

Timepoints:
e11.5

Expression Pattern
forebrain (9 out of 9 embryos) 
hindbrain (rhombencephalon) (9 out of 9 embryos) 
midbrain (mesencephalon) (9 out of 9 embryos) 
neural tube (9 out of 9 embryos) 

Embryo 1

Embryo 4

Embryo 8

Embryo 9

Embryo 10

Embryo 11

Fasta sequence
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