Mouse element [ mm1974 ]Position: chr13:15,539,239-15,546,744 (UCSC browser) Source: Lawrence Berkeley National Laboratory Flanking genes: AW209491 - Gli3 Timepoints: e11.5 This sequence did not show observable enhancer activities at E11.5 We define a negative enhancer at this developmental stage when at least 3 transgenics were obtained and yet no reproducible pattern of expression was observed. This does not mean that this sequence is not an enhancer at another time point or a weak enhancer at this time point but below the detectable range at our level of resolution. Fasta sequence TCACTCGACAAGTCCACAGAGTttctaaaacactgagcattcctcacccaaacagatatg gaccagaatgctcctatatccaaaacattcagagagctggcatgatgccacagtggagag ttccagattatgaactcatgttgcatgcacaaaaatatttaaactagggcaaaccattgt ctagagggtatgtatatgtatatgtatgtatatgtatgtgtatatgtatgtgtatgtgta tgtgtatgtgtatgtgtatgtgtatgtgtatgtgtatgtgtatatgtatatgtatatgta tgaaacacaaatcaatttcatgtttaagcattgctcttatctccaaaataaccactgggc atatacaaatatcctacaatctagaagaatccaaatccaaagctcttctggttgcataca ctccagaaaatagagatgttgcatctctgtctggtcgtccacaggaaaggcttgctggct gtgtgcacttagagagtgatttgcttgtacatgtttatgaaagaaggagcaaacaaagtg atttttctcctggaaaatactctcttgaattccaagaaaaatgatatcagattaatatca tatattaaacataccaactttgatcacttttctgtgtcttatgcacagtactgtctttcc accagtgtttattctgaacaacatgcagggatttttgccaagcaaaaatttagcagaggg caagtgtggagacagtcctttcctgggtctcctaactagattaaaccagtcagttcagct tctctgatttaaacttccttgtcttcaaattgtggcccagacaagacaatccccatggtc cctcaaagcaataaaattataggcttctgtgacttaaaacatcattttagactgttaagt gagcatagaggttgatggccacgatggctttgcatttatggcagatcagtggctacattc atgatttattttactccagattcttaatcagtatctcgacccccaattatgtcactatcc ttttagaaaatatgaaaagctttatgataaccagcttcttgaaaagatttccaatgatac attgagtgaaaacagtataaacttcacagttctctgctttattaccaatttggaatttgg aattttcaggggaaaggacaaagaaatattctgctatgtattttaaatagacaattcttt tttaaaaagttaagtaacaatacactttcagtaactgatgataacaatattgaatttctg tgtatgatatatttagtccagtgactacagagccatctaagatgcaaacacacattgtgt cttgtggtggtattttgagcagaactcctggtttcttcagattggagacttccaatagga aggctcaaaggcaggatggcacttccacctagtgcatgtttattctattctctattatca ctgcatcccattcagaccataaaataatctataaaaataaacacttcccacgtggagatg gccataactagggcctctggccaggtaacgccatttctgccattcctggagaaagagctg aatgtgtggagtgccctgtagcctctgctcaagacagggtgactcccaaccccttgctga tgctatgggtttcatgttaaccggccttataagtaagcacaggaccccacccaccataac tttatatagagatggagaacatggagaaacctgttggtgggctgaaaagagattgaatat gttccatttaatggactcctcaaatcctcaaggtttttaaaggtaggtatgactttagtc tcttgactcatgagaagatggctgtatgtgccatggtcagtcagtgttcagcaagaagcc tggctacacagacccattggtctccatgaacaaaccttgtggttaaacttaaccccaagt cccttcccggtacatgtatctgtgagctgaagaatgtgcattatcaccaatagaaggaag gggttaaaacattcctcctcccacttgctcagacacattactaacatcctctgcaaatta tgggagcaactgcattgcccacaaactatgaagagcctgaccctggtgagccttgcccct ctacaaccagcttaataaaatccattaaaatgtattgtgtaaacaacattcgactaaatc tactaaacattaatacattaaccaatgggttcaaaaaagtcagtatcccaatacatatct cattctcaactactctttcctccatgtctactgccttcaaatcctagatcccaggaaatc actccaaagacaccagtaggttccattacttcagtgagagtcatttgactccttataatg atctatatagcatcacattgctcatccttgatgtctaaagtttgaccagcatgtcaccag tgtccacaccacctagaaacttattaggaatgcagaatctcagctcacaccaggcttcta aaatagattgcatgtaacacagagctctctgggaaacgagggtgtgaattgaactttgaa atgcatcagagagatccttgctccctcacctcagcccaacctccgtcatgacttctgaaa cacattagtgctcaatgggtgtaaaatcttgccaaatctgacaggaattgttactccaca acaaatgtggcctctctctatctgaatagcaactttcttaataaaaaaaaaaaaaaaaaa aaactacctgtctccctttccttgacactgaagtagctttctctattagctgggttgtaa tgattagtgttccacttgcccagtgatccagtctaatgtcttgtccttcaggtttagtac gattgacatagttgaacaaaattgttcctttcctttttctcctgtttaagatttcaaaga ctatctctagctcaaagtagagtcccttactctgactccatatttgtgtatctagtgtgc taagaacatttttaattcttattgctaccaaacttcaaactcaaaatatcgaaatggcac atattatccttgccttgcttttggaaagttctccaccatttcatgattgtgctcttcagt cctgtacctcataggcaaaaaaaaggtagcaattacatattccattcacctccccatcca ccctccgactgctccacaccccacagttcctccccaccccactccgtctcaacagggatg cccccactccccaccctatctgatctctaaactccctggcacctccagtcgaggattagg tgcatcatctctgaatgaacacagacctggaagtcctctcgtgtatgtgtattgggagcc tcatatcagctggtgtatgctgtctgtttggtggtccagtgtttgagaaatctcgggggc tcagatttattaatactgctggtcttcctacaggatcacccttctcagcttctttcagcc ttccctaattctacaacaggggtcagctgcttctgtgcattggttgggtgcaaatatctg catctgactctttcagctgcttgttgggtcttttggagggcagtcaatgataggtccctt tttgtgagcgctccatagcctcaggaatagtgtcaggcctttgggacctccccttgagct ggatcccactttgggctagtctctatttcttacttaacaaaacaatcaccaagtccaaag ttctctgtatctgccatcctgggagcctgctgctatttttaggcttctaatgaattactc ttattgagtttctgggacctgaaaatagagtcccatgaacctcagcgatgtgagaggcta tagcatgaatcaccacattcagagtctgtgattacacactggctttcttggggctgctgg cagataaaagactggggcagatttaaatctattctcagaagattttaagaatttcacaaa gtcccaggactttatttattgaattagacagtttatttgagaaatgttggtggagacccc accttggaatgcaggttctttgatataagaagaaagcctatgcgctgagtggctgtgcac agagtgcagcataagcgtcatctcattcgattctccaaagacccaattttaattttgatg aaatttcagcacagaaggggtgaatggcttgtgcaaaaatatatagccaagggtccacag agatggattagtggttaaaaagcactggctgctttctcagaagacccaggttcaattccc agcatcacatggtggctcacaactgtcaagtgtctgtaactccagttctaggaaatttta taccctcttctggcctctgtaggcaccaggcatgcaagtagtgtgagaaacacacacaca cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacacacacacacacc cacccccaccaccaccacatatatatgtgcaggaaaaatactcattcacataaaataaaa agatgatttttaacgtaaaaaactatatggcccaaaatgacaacacccaggctttataat gaactgaaagagagcaggaggacagttaaatgctcgctttgatgattccatcacagggat gttccggaaatgagaggggggggatgactcctaggaagtcagtgggagctgagcccgtgg ttgttgtaggcaagttcttccctccaggaagcatgaatctcagtgtccattcttgctaca gaatatggtaaagttggtagtaccctccatgcctcttaaaaccctaaaacttgtccttaa ttattaatgatgcctctttcaaactgaacaccttctttctaagtttcagatgcacacgag aatttaatcattgcatcagtcttttggttgggcaagcttgaatgggttttcttttttttt ttttttttttgatttgaatgaagatcatttatgctttacaaatatctgaaataccatact attatgaatttagttaatataacacatggaggtatgcatcgctatgtatgtcacatttcc aagttcaggaacaggaaattcaggaaagtagtaagcagtcttcccaggatcctagtacat gaattacaatccattgccacaaagaaggggttgctcatttccctttgtaactattgaatt tggggagaaaggggttacagaaataaagccaacacacaagagtaattgaatatagagact tcttgaaaacactgtgcatcttccacagtaatagcacacaaggaagcagtagctatgaca caaaaggtatggtcttacactaaacattgattatgcctgcactttggagttctttgcctc aagagttgtaagaactatattcacatcaattccaatccatacagtccgggacatcttgaa aggcctttggaaagatttctaggcttgtctttgcccagaggatgttgtttcaagtagagc aacataatttggatttcttccttcatcttgtgggggatcattccaagcatggattgaaag aaaaaaaagcagcaaatgagacatttgaatgggttttcatggctattcttttgtgcagac ttcacctttgatagctgtttatctggtgccagttcaatcactactacaactatttaatat ttttaagagaaaaagtctttcattctgacttctttgatacagctgtctggtaacatcaga atctggataatccaggctaattcaccacattttgctctaattacctggtctatacaaagg tgatttactggattctcagctcattttacatgtgtagatgaattctgatatagctattca ggcactattaactcaacttaacaagcaactaaggctgtaataaatttgtattttaatctc aacttagattttaattacaattttcaaaagtatattattggaatgactcttttggaaatg ccttgtataggtaaacactacacacaattttatatatttaatgctctaaaagtatatctg aaatctttatggctagtgagcaacatcaatatttttatttttacttgacttacgtttatc aaagaatctacaggttatagcttataaaatgaaacagcatatacaatcaatgttttggaa tatgatgtaaaattttaaggaaagaaaaataatatgatatgtagctcgatatttttgtct gggagtaaaattatggatgaaatatatactgaggaaggtagatcttagtgagttccaaga tacccagggctatagagagagagagagagagagagagagagagagagagaacaacaaccc acccaccaaccagagcagagggaagaggcagactttctttggcacttcccaatggaagca gcagagccatgacaccattgacttcaccccattgccttctcacagtcactgtgagacaga agccatttttatgagctatgtaggcaaagtgaactcgtacgatgatcagtaaatggatgg atgaaggatgtaaatcctggaccacctcatctggtacactactgtgtcagattaaacaca tgggactatttatcattaatctgaaaggtagagctttgagagctgaatagagatttttca gaaaagaaatggttaataaatatgttgaaaagtgttcaacacccttagacattaggggaa atgagagttacaactattttgagagtctgccttacctagtcagaatggctgttcgcaaaa ggtcaaatgacaggggatgcttgcaaggttgtagggaaaaagaagtcttatttactgttc gtgggagtctagtttagtataggtgctatagaaaacagtctgaaggctggaaagagaact accacatgatccaaatatcctgggtatatctaaaggactctagactttagacatgctcat tcatgttcactgctactctactcataactcatttccaggaaatggaaacactctagatgc tcatcaactgatgaatggataatgaaaatgtggtatgcatctacaacataatttattaat ttatctgttataaaaacaagatcacaaaatttgcaggtaaatggatgaaactgggaaaag ttatagctaactaggtcatctaggtacagaacggtaaatactgcatgttctctcacccat gaatctttagatattcatgttttatttggagtacctatagaaaccaggaagctagaaaag ggtcaggggcagggtgtgggcaggcttaagaggaggggctttaaaatgtaattgagagtg aaagcataaaatcataagcaaaattcaattgtttcagaattgtaattgtgcagaagttca ctagttggggacaggaacaagtgtttgtgtggcttctttaaatcagtggtgtggttttgt ttgtttgtttgtttgtttgtgagttaatcagaaaaaagcaaatttaattaactaatttca aatagaggtggaaagctagtagaacattgatgaggtgaaaatagagggaggggacacttg gagtgggtgagaaaggtttaagcagagatagagtgaggagatacAGCAGATGAAGGGTCA GAGAAGPrimer
|
For commercial licensing of the VISTA Enhancer Browser and its associated data please contact Virginia de la Puente (vtdelapuente@lbl.gov) at the Berkeley Lab's Innovation and Partnerships Office.