Vista Enhancer Logo
Enhancer Browser banner
Vista Logo

Mouse element [ mm1525 ]


Position: chr17:28,242,662-28,245,588 (UCSC browser)
Source: Lawrence Berkeley National Laboratory

Flanking genes: Tcp11 - Scube3

Timepoints:
e11.5

Expression Pattern
forebrain (3 out of 4 embryos) 
hindbrain (rhombencephalon) (3 out of 4 embryos) 

Embryo 1

Embryo 2

Embryo 3

Fasta sequence
GATGTGGACAGTGTGGCTCAgaggatagaacacggaacctggaagcaaaccagtgttaag
cgctggcctacacacgcacacgctcagccagtgcacgcacccccactcccaccccgagca
aggcagctttccccaccctccttcacagttcacagttcagcctcatgaatagtaagttct
gtgaatattcaaggtctagtcaattcctaggaagcctcagagtgtttgtcgcagtaacag
cctgtaaggagagtcagtagtggtgtcgtgctagcacgccagaggatcgcaagttctacg
ctagcctgggctacaaagtgagaccctgtctggaaacaaaaacaagataaccaaacaagc
gaaggaacttaagggacacaaactgtgaagcccttcagctctttgggagctaaggccagc
cccctttcttgcttgcccccccccctctccctttcttgcctacccccttcctcctcaccc
cactcctcgctcttggaccttaggagtctatctgcttgtcctccgaggaaaggagcccat
agcactcactagatagctcacaactgtctgtaactctagttccagaatatctgacaccct
cacacatccagaggagattctgtcttcccttccaccatgtgggtcctggggatggaactc
aagccctgggcttggcagtcagtgtctccaccactcagccagcaagccagcttgcttatt
ctgtttcttccatcctcgaatctttccttcttttatttttgaaagatttgatttttaatt
atgcatgtccgtgagtggggctgtgtacgtgtgtgcagtacccaggatggccagaagggg
gcgtcagatcctgtgtatgcatgtgtgagacaagacccaaactgcttgtctgctggagtg
cgtggtgtgtgagcttagctggggagcctccaagacccgcttcaactatttctttttctc
tcagctctcttcctccccttctttcttgacaggttcttccctatatagcccaggctgggc
tggaagtcatatcctgctgcctcagcacccccacacgctgggatgacactcagcagctgc
tgcccctgccctctgttctcacaggatgctggtttggaataagcattcagaatgtagcct
agacagagaaacctaagatcaaagcccacccccgccttttatgtgctgtgcagccttggc
caggctgctgaacctctctgaacttcagcctgcacaccgggaacatgacaacaactgtca
ttcactggtctggccaggagcgggtgaggtcatccattcatctgcctagacccagagtcg
tgtactataaatccttatgaggggcaggattaatattcttgcctttcttttggctcttgg
ggacatagccataactgtagcaaaacgtggtgtttgcacctgtgtcacacatcttgttgc
ctgctggatggacccggttcctttttcctacatgtagtttctctctctctctctctctct
ctccctcccatcccccctcttaaaaacttcccttatcttcccctcccccttggctgcggg
gggggggggaggtcacactgatcttcccagcactcttcccagtggggagagcagttggca
gtctgagatgcagagaccagggaaggtgactgacagccacacatgaggcttcagtctgcc
ttgttcccatcccccatgtcggctgcccactgcccaaagcggtgatgaccccgtggggcc
gcctggccgcgagcatgttccccagcaattgtctgtggaggagccctcccgtcccttttg
atgttcagcgaagtggagtgtgatgccagcgagcctcagcagggtcccataaagcagctc
gcatggcctgtggcctccgctcagcacggccatggacccatggacgtgggaagcagcaag
caggggcagctctcctttgggtcctctgagcctgccgctagcctgtgaccacaaaacatt
agggactaggtgacagagagggagaggtagctcagcctaaccctcttgtttgtagatgac
gaaacgggtccagaaagaggcaagagttggcccaagtcatatagctggtgcgggctgaag
cagagctaggctgctgttctcaccttgcccttccctgactctgacccttgctggctgtgt
tacctggacaagtcgcacacaacctgtttgagccttagcatctccttctgcatcagaggg
tgaatgctttcagttacacagagaatttatgaaagtccctaaacatggagcctcaaactc
aacagagaccctgtggagacaggtatgtgtatgtgtgtgtgcacatgtgagtatgtatgc
atgtgagtgtgtatgcctgtttgagtgtgtgtgaatgtgtgcatgtatgcatgtgtgtgt
ccgtgtatgtgtatgtgtaagtaagtattgtgtggtgcatgcatgtgtgagtgtgtatca
tgttgagtgtgagtgtatacatgtgtgcatgtgtgagtgtgtaagagtgtgttttgagtg
tgagtttgtgtgaatgtgtgcatgtgtgagtatgtatgtgtgtgttgagtgtatgtgtgt
acatgtgtgtaagtgtatatgttttgagtgtgtgttgagtgtgaggatgtgtttttgagt
gtatatacgtagcaagcatgtgtgtatggatgactgtgtctgtgtctgagtgtgtgggtt
tggagtgtgtgtgcatgtgtatggctgtgtgtgtgttttgagtgtaagcatgtatgtgcg
tgagcgtgtatatgtaagtatgtgtgtttgcatgtgtagcggcacatgagaccaaaagtt
gccatgggttcctcactgactcagccaggctagtgggactgagttccagggaactctctc
tgtctctctagctgcccccacccgtccAGGCTTGTCCATGACCACAG
Primer
(+)gatgtggacagtgtggctca
(+)ctgtggtcatggacaagcct


For commercial licensing of the VISTA Enhancer Browser and its associated data please contact Virginia de la Puente (vtdelapuente@lbl.gov) at the Berkeley Lab's Innovation and Partnerships Office.