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Human element [ hs1496 ]


Position: chr2:5,549,618-5,553,025 (UCSC browser)
Source: Lawrence Berkeley National Laboratory

Flanking genes: LINC01249 - LINC01248

Timepoints:
e11.5

Expression Pattern
forebrain (14 out of 16 embryos) 
hindbrain (rhombencephalon) (15 out of 16 embryos) 
midbrain (mesencephalon) (13 out of 16 embryos) 
neural tube (15 out of 16 embryos) 

Embryo 2

Embryo 3

Embryo 4

Embryo 5

Embryo 6

Embryo 7

Embryo 8

Embryo 9

Embryo 10

Embryo 11

Embryo 12

Embryo 13

Fasta sequence
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Primer
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For commercial licensing of the VISTA Enhancer Browser and its associated data please contact Virginia de la Puente (vtdelapuente@lbl.gov) at the Berkeley Lab's Innovation and Partnerships Office.